به گزارش گروه سیاسی ، در کتاب "روایتی از زندگی و زمانه حضرت آیت الله خامنه ای از سال 1318 تاکنون" آمده است:

در سال های دهه ی 1320 سید علی از مکتب به مدرسه و بعد به حوزه رفت. در این سال ها ایران، سال هایی پرهرج و مرج را شاهد بود؛ هر چند آزادی به وجود آمده هم خوشایند بود. محمدرضا پسر رضا خان، شاه شده بود اما چندان بر امور مسلط نبود مذهبی ها از ازادی مذهبی خشنود بودند اما روشنفکران ضد دین که در دوره ی پیش رشد کرده بودند همچنان قدرت داشتند و عقایدشان را ترویج می کردند. کسروی،حکمی زاده، شریعت سنگلجی به روحانیون می تاختند. روحانیون که در دوره ی رضا خان بیش از همه تحت فشار قرار گرفته بودند پی احیای حوزه ها بودند.

در این میان کسانی نیز همچون حاج آقا روح الله خمینی از جواب دادن به سخنان ضد دین غافل نبودند مرجع شیعه پس از رحلت آیت الله حائری، آیت الله سید ابوالحسن اصفهانی بود. پس از وفات آیت الله سید ابوالحسن اصفهانی مرجع وقت شیعه در نجف، آیت الله قمی  به مرجعیت رسید  سال 1325 آیت الله قمی که مدتی کوتاه مرجعیت شیعه را به عهده داشت در گذشت، پس از ایشان مرجعیت آیت الله بروجردی گسترش یافت.

اولین سال طلبگی اش به مدرسه ی دینی سلیمان خان  که زیر نظر آیت الله میرزا احمد  کفایی اداره می شد، رفت. ایشان  از علمای معروف مشهد بود و تلاش زیادی برای احیای حوزه ی مشهد پس از دوران رضا خان داشت.

با راه انداختن هیئت های مذهبی به مقابله با فعالیت های  فرهنگی حزب توده و کمونیست ها  هم می پرداخت. دغدغه ی حوزه علمیه و دین داشت و می گفت می ترسد ورود طلبه ها به سیاست، به حوزه و دین ضربه بزند. در ماجرای نهضت  مصدق و کاشانی که اغلب علمای مشهد در آن مشارکت داشتند میرزا احمد مخالف بود و می گفت: " طلبه ها باید درسشان را بخوانند و در امور سیاسی دخالت نکنند."

سید علی خامنه ای در حوزه، ادبیات عرب می خواند و شبانه هم ثبت نام کرد تا در مدرسه ی آموزشی جدید دوره متوسطه  را هم بگذارند. پدر مخالف بود. او دور از چشم پدر مدرک ششم را- که مدرسه ی دیانتی  مجوز برگزاری اش را نداشت- گرفت و تا نیمه ی دوره ی متوسطه جهشی دو سال درس خواند بعد رها کرد و تنها به طلبگی مشغول شد. علاوه  بر درس هایی که زیر نظر استادان حوزه ی علمیه می گذراند. شاگرد پدر هم بود. پدر با علاقه و جدیت همراهی اش کرد و بعد ها گفت: " اگر ایشان نمی بودند به موفقیت های فراوانم در تحصیلات فقه و اصول نمی رسیدم."

همزمان با تحصیل علوم حوزوی  تفریح هم داشتند و در استراحت بازگشت از آن تفریح ها، عمق محبت پدر را در می یافتند؛ " من کمتر پدری را دیده ام که این قدر نسبت به فرزندانش محبت داشته باشد من 15،14 سالم بود. من و برادرم محمد آقا از پدرم اجازه می گرفتیم و می رفتیم ییلاق(برای) گردش و تفریح.