با وجود علاقه اش به شعر مهم ترین دغدغه اش در این سال ها درس و بحث حوزه بود. سید علی بی وقفه درس می خواند؛ حتی ایامی مانند ماه محرم، صفر و ماه رمضان  که درس ها تعطیل می شد. او پای درس پدر می نشست در این بین تدریس هم می کرد؛ ابتدا جامع المقدمات بعد سیوطی و بعد در تدریس جواهرالبلاغه مشهور بود.