وی با اشاره به بخش‌های دیگر گزارش آورده است که: آژانس هیچ شواهدی مبنی بر وجود برنامه توسعه تجهیزات انفجاری سلاح هسته‌ای و یا برنامه توسعه و تولید سلاح‌های هسته‌ای در ایران پیدا نکرده است؛ آژانس هیچ شواهدی مبنی بر انحراف برنامه هسته‌ای ایران به مقاصد غیر صلح آمیز پیدا نکرده است؛ آژانس هیچ شواهدی مبنی بر وجود برنامه چرخه سوخت هسته‌ای اعلام نشده در ایران پیدا نکرده است؛ تجزیه و تحلیل نمونه‌های اخذ شده از تاسیسات مورد ادعای کار نظامی هسته‌ای در ایران هیچ نشانی از کار بر روی اورانیوم دست ساخت انسان را نشان نمی‌دهد و ادعای انجام انفجار هسته‌ای در ایران بهیچوجه برای آژانس اثبات نشده است. 

مدیر کل سیاسی و بین‌المللی وزارت امور خارجه با بیان اینکه در کنار این بندهای کاملاً روشن آژانس در بندی دیگر از گزارش خود اعلام کرده که بویژه در سالهای قبل از 2003، ایران برخی فعالیتهای مشخص را انجام داده که این فعالیتها کاربردهای تسلیحاتی نظامی متعارف و حتی در مواردی کاربردهای صنعتی دارند، اظهار داشت: در ادامه این گزارش آمده که بخشی از آن فعالیت‌ها می‌تواند به کاربردهای خاص مربوط به توسعه تجهیزات انفجاری سلاح‌های هسته‌ای نیز مرتبط باشند. آژانس در عین حال تاکید کرده که این مطالعات نیز هیچگاه از مطالعاتی علمی و صرفاً امکان سنجی و برای کسب برخی قابلیت‌ها و توانمندی‌ها فراتر نرفته‌اند.

بعیدی نژاد افزود: همانطور که خود آژانس نیز تاکید می‌کند بسیاری از عرصه‌های مطالعاتی، حوزه مشترک بین علوم مختلف فیزیک و صنعت هستند و دارای کاربردهای دوگانه و حتی چند گانه می‌باشند که انجام آنها برای کشوری بزرگی مانند ایران محل ایراد و اشکال نمی‌باشد.

وی خاطرنشان کرد: این گزارش فقط یک انتخاب جلوی پای شورای حکام می‌گذارد و آنهم مختومه کردن پرونده پی ام دی است. بحث پی ام دی دیگر به تاریخ پیوسته و ما این مرحله بسیار سخت در کار با آژانس را پشت سر گذاشته‌ایم. این گزارش نتیجه یکی از پیچیده‌ترین مذاکرات دیپلماتیک بین‌المللی بود.