جعفر سمیعی از ۸ آبان ۱۳۹۹ مدیریت پرسپولیس را به عهده گرفت. وی دوران موفقی را با این تیم پشت سر گذاشت. با این حال بعد از پایان لیگ بیستم، اخبار استعفای وی منتشر شد و خیلی زود رنگ واقعیت به خود گرفت. سمیعی در مورد پایان همکاریاش با پرسپولیس اظهار داشت: «بعد از جذب بازیکن و حل مشکلات مربوط به سفر تاجیکستان، در دیدار با سجادی، وزیر جدید ورزش و جوانان موضوع استعفا را مطرح کردم و به وی گفتم دیگر نمیتوانم در خدمت پرسپولیس باشم.»
مجید صدری سرپرست مدیرعاملی پرسپولیس صحبتهای سمیعی را تایید کرد: «به دلیل مسائلی که داشت تصمیم به جدایی گرفت. با وجود اصرار اعضای هیئت مدیره و حمید سجادی وزیر ورزش و جوانان برای ماندن سمیعی در پرسپولیس، او ادامه همکاری را صلاح ندانست و باشگاه را ترک کرد و ما ماندیم و خاطرات خوبمان با وی.»
حال پرسش اینجاست چه مسئلهای باعث کاهش تمایلی سمیعی و خروج وی از مدیریت پرسپولیس شد؟ بررسیها حاکی از آن است که بدهی ۷۰۰ هزار دلاری پرسپولیس به کالدرون، بسته شدن پنجره نقلوانتقالات، مسائل مالی باشگاه و تامین دستمزدهای بازیکنان چالشهای فراوانی بود که سمیعی قصد نداشت به خاطر این مشکلات رودروی هواداران قرار بگیرد و شخصیت خود را خدشهدار کند؛ بنابراین پیش از آنکه اتفاق تلخی رخ بدهد ترجیح داد خودش از این فضا خارج شود. ضمن اینکه از ابتدای حضور وی در باشگاه پرسپولیس گفته میشد وی علاقهای به حضور در حوزه فوتبال ندارد.
علاوه بر این مشکلات، تغییر دولت و گمانهزنیهایی در خصوص تغییر احتمالی مدیر سرخپوشان، مسیر خروج سمیعی را تسریع کرد.