مجتبی حسینی در لیگ برتر بیستم هدایت دو باشگاه را بر عهده داشت. او ابتدای فصل در نفت مسجدسلیمان کارش را آغاز کرد و پس از چند هفته، اواخر بهمن ۹۸ از این تیم جدا و راهی تیم سابقش ذوب‌آهن شد. پس از جدایی حسینی از نفت، این تیم روز خوش ندید و در هفته‌های پایانی جزو کاندیدا‌های اصلی سقوط بود که موفق شد با پیروزی مقابل آلومینیوم در هفته پایانی با وجود تمام مشکلات و چالش‌ها در لیگ‌برتر بماند.

از سوی دیگر مجتبی حسینی برای جبران نتایج ضعیف ابتدای فصل و رساندن تیم به رتبه مناسب، هدایت ذوب‌آهن را عهده دار شد، اما نتایج پرنوسانی کسب کرد و سبزپوشان تا آخرین روز کاندیدای سقوط بودند. ذوب‌آهن با یک خوش شانسی بزرگ و با توجه به نتایج بد سایپا با ۲۶ امتیاز در لیگ برتر ماندنی شد.

مجتبی حسینی را شاید بتوان خوش شانس‌ترین سرمربی لیگ‌برتری دانست. او در دو تیم مربیگری کرد که هر دو نزدیک به سقوط بودند و این اتفاق (حتی سقوط احتمالی نفت) می‌توانست نقطه‌ای تاریک و منفی در کارنامه مربیگری حسینی باشد که برای او به خیر گذشت و هیچکدام از تیم‌ها سقوط نکردند.