- در روز ۳۱ اردیبهشت سال ۱۳۹۸ تیم فوتبال استقلال در حالی مقابل العین امارت قرار گرفت که در دقیقه ۱۳ از حریف عقب افتاد، اما در دقیقه ۲۲ محمد دانشگر سانتر وریا غفوری را با ضربه سر وارد دروازه العین کرد تا اولین گل خود در لیگ قهرمانان آسیا را بزند.
دانشگر بعد از این گل سمت نیمکت استقلال رفت و پیراهن شماره هشت فرشید اسماعیلی را به دوربینهای تلویزیونی نشان داد. در آن زمان اسماعیلی به خاطر اختلاف نظر با امیرحسین فتحی مدیر وقت استقلال از اردوی تیمش کنار گذاشته شده بود.
بعد از گذشت دو سال، در روز جمعه ۲۷ فروردین سال جاری، فرشید اسماعیلی در بازی تیمهای استقلال و الاهلی عربستان کار دانشگر را جبران کرد. اسماعیلی در دقیقه ۶ دروازه نماینده عربستان را باز کرد و هافبک استقلال بعد از گلزنی به سمت نیمکت تیمش رفت و پیراهن محمد دانشگر بازیکن غایب استقلال را مقابل دوربینها گرفت.
این در حالی است که دانشگر در روز ۲۱ اسفند سال ۱۳۹۹ بعد از بازی استقلال و پیکان در جام حذفی توسط سرمربی استقلال اخراج شد. با اینکه در تقابل با خودروسازان دانشگر گل دوم تیمش را به ثمر رساند، اما به خاطر درگیری با فرشید اسماعیلی، صمیمیترین همبازیاش از تیم کنار گذاشته شد.
سایت رسمی استقلال بعد از بازی مقابل خودروسازان اطلاعیهای را با این مضمون در همین رابطه منتشر کرد: «فرهاد مجیدی، سرمربی تیم فوتبال استقلال، محمد دانشگر را به دلیل مسائل انضباطی و رفتار غیرحرفهای از حضور در تمرینات منع کرد و این بازیکن را در اختیار باشگاه استقلال قرار داد.»
با وجود اینکه ویزای دانشگر به عربستان تهیه شده بود و وساطتهای زیادی برای بازگشت مدافع استقلال انجام شد؛ اما مجیدی تا این لحظه رضایت به بازگشت مدافع اخراجیاش نداده است و به گفته سرمربی آبیپوشان در استقلال، استقلال سالاری است نه بازیکن سالاری!