- از مهم‌ترین چشمه‌های تغذیه‌کننده رودخانه حفاظت شده کرج نیز می‌توان به چشمه‌های سوتک، سفید سوتک، شیرکمر، سیکنو، کریم چال- وارنگه رود، نمرک، جیان- کندر، قل قل چشمه سرزیارت، شاهی خور، هفت چشمه، چشمه دره، قصر ناصرالدین شاه- شهرستانک، دره بصال- شهرستانک، بیدار چشمه باغستان و پی کنار اشاره نمود.

رودخانه کرج تأمین‌کننده آب آشامیدنی تهران، آب کشاورزی مناطق همجوار و منبع تأمین برق کشور است. این رودخانه در گذشته تمامی باغ‌های شهر کرج و منطقه ییلاقی سرحدآباد و شهریار و ساوجبلاغ را آبیاری می‌نمود، ولی در چند سال اخیر به دلیل رشد بی‌رویه مصرف آب در کلانشهر تهران، بخش عمده آب این رودخانه برای مصرف آشامیدنی به تهران منتقل می‌شود در نتیجه سهم آب باغ‌های استان البرز از این رودخانه بسیار کاهش یافته است.

قزل‌آلای خال قرمز، قزل‌آلای رنگین کمان، ماهی خیاطه، سس ماهی و ماهی سرمخروطی سیاه فلس از جمله ماهیان موجود در رودخانه کرج می‌باشند، اما متأسفانه در حال حاضر به دلیل استقرار واحد‌های خدماتی، اراضی کشاورزی، مراکز مسکونی روستایی، ورود انواع فاضلاب‌های شهری و کشاورزی، تهدید زیستگاه و همچنین به دلیل گستردگی منطقه استحفاظی و وسعت حوزه عمل و کمبود نیروی انسانی و امکانات، از طریق صید غیرمجاز کاهش چشمگیری در جمعیت برخی از انواع این گونه‌ها مشاهده شده است.

اجرای برخی پروژه‌ها، از قبیل تونل زدن برای انتقال آب رودخانه به تهران که موجب ایجاد نخاله و رسوبات می‌شود که نیاز به نظارت بیشتری دارد، گردشگران نیز یکی دیگر از آلوده‌کنندگان رودخانه هستند که با رهاسازی زباله و فاضلاب در رودخانه و حاشیه آن اقدام به این کار می‌کنند که بایستی فرهنگ‌سازی مناسب به این منظور انجام شود و رستوران‌هایی که در اطراف این رودخانه وجود دارد، متأسفانه گاهی اوقات برخی از این روستوران‌ها پساب‌ها را وارد رودخانه میکنند و عامل آلودگی رودخانه می‌شوند.

مدیر دفتر اکوسیستم‌های تالابی سازمان محیط زیست، مسعود باقرزاده کریمی پیشتر در گفت و گویی با میزان بیان کرده بود که، مسیر رودخانه وجود رستوران‌ها و دکه‌ها و گردشگران در این منطقه و همچنین زدن تونل برای انتقال آب رودخانه به تهران، که خود مشکلاتی را به همراه دارد را بیان کرد و گفته بود، در حال حاضر باید این مسئله بررسی شود که آیا در مسیر تونل آسیب محیط زیستی داشته است، آیا این رهاسازی آب که وزارت نیرو مقدار آن را تعیین کرده بود اتفاق می‌افتاد یا نه، که اگر آن مقدار تعیین شده رخ ندهد آسیب‌های محیطی به منطقه کرج و مسیر رودخانه وارد می‌کند که بسیار جبران ناپذیر است.

همچنین باقرزاده از عدم نظارت و کمبود نیرو را عامل آلودگی رودخانه دانست و گفت، نظارت بر آلودگی اطراف رودخانه با محیط زیست است و باید پیگیری و نظارت شبانه روزی داشته باشد، ولی به علت کمبود نیرو و یا اینکه افرادی که رودخانه را آلوده می‌کنند ممکن است در شب اقدام به این کار کنند، دور از نگاه افراد دیگر به خصوص محیط زیست اتفاق می‌افتد.