همچنین براساس ماده ۶۲ این لایحه، در بند ۳ ماده ۲۵۵ قانون مالیات‌های مستقیم، عبارت «نظر اکثریت اعضای شورای عالی مالیاتی» به عبارت «نظر اعضای هیئت عمومی شورای عالی مالیاتی موضوع ماده ۲۵۸ این قانون» تغییر می‌یابد.

همچنین براساس ماده ۶۳ این لایحه تبصره ذیل به ماده ۲۵۸ قانون مالیات‌های مستقیم الحاق می‌شود:

حکم این ماده در مواردی که نسبت به موارد مشابه آرای متفاوتی توسط هیات‌های حل اختلاف مالیاتی صادر شده باشد جاری است.

همچنین براساس ماده ۶۴ این لایحه متن زیر جایگزین ماده ۲۶۹ قانون مالیات‌های مستقیم می‌شود:

تخلف قضات اعضای هیئت‌های حل اختلاف مالیاتی در انجام تکالیفی که به موجب قوانین و مقررات مالیاتی به عهده هیئت‌های حل اختلاف گذارده شده است، با اعلام دادستانی انتظامی مالیاتی در دادسرای انتظامی قضات مورد رسیدگی قرار می‌گیرد. در مورد قضات بازنشسته و نیز نمایندگان موضوع بند ۲ غیرقضات و بند ۳ ماده ۲۴۴ این قانون به تخلف آنان با اعلام دادستانی انتظامی در محاکم دادگستری رسیدگی می‌شود.

در صورت تخلف علاوه بر مجازات متناسب به جبران ضرر و زیان واصله به دولت به میزانی که هیئت عمومی شورای عالی مالیاتی تعیین می‌کند محکوم می‌شود.