همچنین به موجب ماده ۵۶ این لایحه؛ موارد زیر از شمول حکم این قانون مستثنی می‌باشند:

۱- قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۹۵/۱۲/۱۴ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛ (به استثناء بند «ب» ماده (۶) و بند (ر) ماده (۳۳) و بند «ب» ماده ۵۲ و ماده ۷۳ و ماده ۹۴ قانون مذکور)؛

۲- قانون مالیات‌های مستقیم مصوب ۱۳۶۶/۳/۲ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۳- قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۷۲/۶/۷ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۴- قانون مقررات تردد وسایل نقلیه خارجی مصوب ۱۳۷۳/۴/۱۲ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۵- عوارض آزادراه ها، عوارض موضوع ماده (۱۲) قانون حمل و نقل و عبور کالا‌های خارجی از قلمرو جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۷۴/۱۲/۲۲ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۶- قانون نحوه تأمین هزینه‌های اتاق‌های بازرگانی و صنایع و معادن جمهوری اسلامی ایران و اتاق تعاون مصوب ۱۳۷۲/۸/۱۱ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۷- ماده (۶۳) قانون وصول برخی از درآمد‌های دولت و مصرف آن در موارد معین مصوب ۱۳۷۳/۱۲/۲۸ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۸- قانون امور گمرکی مصوب ۱۳۹۰/۸/۲۲ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛ (به استثناء تعریف حقوق ورودی و سایر وجوه موضوع بند «د» ماده ۱)

۹- مواد (۵۸، ۶۵ و ۷۰) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (۲) مصوب ۱۳۹۳ / ۱۲ / ۴ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۱۰- ماده (۸۷) قانون وصول برخی از درآمد‌های دولت و مصرف آن در موارد معین مصوب ۱۳۷۳/۱۲/۲۸ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۱۱- بند‌های «الف» و «ب» ماده (۳۰) و بند (۳) ماده (۴۸) قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور مصوب ۱۳۹۵/۱۱/۱۰ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛

۱۲- تبصره (۵) ماده (۲۸) قانون رفع موانع تولید رقابت پذیر و ارتقای نظام مالی کشور مصوب ۱۳۹۴/۲/۱،

۱۳- ماده (۷) قانون توسعه ابزار‌ها و نهاد‌های مالی جدید به منظور تسهیل اجرای سیاست‌های کلی اصل (۴۴) قانون اساسی مصوب ۱۳۸۸/۹/۲۵.

همچنین نمایندگان مجلس شورای اسلامی به پیشنهاد الحاق قانون توسعه و حمایت از صنایع دریایی مصوب ۱۳۸۷/۲/۲۹ رأی مثبت دادند.