روز سه‌شنبه ۱۹ شهریور ترامپ رئیس‌جمهور آمریکا در توئیترش نوشت: «دیشب به جان بولتون اطلاع دادم که دیگر در کاخ سفید به او نیازی نداریم. من و دیگر اعضای کابینه با برخی از پیشنهادات او به شدت مخالف بودیم، بنابراین از بولتون خواستم استعفایش را تقدیم کند که او صبح امروز این کار را کرد. از بولتون بابت اقداماتش بسیار متشکرم. هفته آینده مشاور امنیت ملی جدیدی معرفی خواهم کرد.»

البته بولتون روایت دیگری از استعفایش ارئه کرد که حاکی از اختلافات شدید میان او و ترامپ است. دقایقی بعد از انتشار توئیت ترامپ در اخراج بولتون، در همان روز سه‌شنبه ۱۹ شهریور، این مشاور امنیت ملی معزول در توئیترش نوشت: «دیشب استعفای خود را تقدیم رئیس‌جمهور کردم و ترامپ گفت که فردا درباره این موضوع صحبت می‌کنیم».

شبکه «سی‌ان‌ان» نیز به نقل از دو منبع آگاه گزارش داد که ترامپ روز دوشنبه ۱۸ شهریور مشاجره تندی با بولتون در مورد میزبانی از اعضای ارشد گروه طالبان در کمپ دیوید داشته و تصمیم اخراج بولتون پس از این مشاجره اتخاذ شده است.