گفتنی است؛ شهید خلیلی 25 تیر ماه سال 1390 در حین بازگشت از هیات، در پی امر به معروف و نهی از منکر از سوی افراد شرور مورد ضرب و شتم قرار گرفت و از ناحیه گردن و قسمت شاهرگ دچار جراحت شد  و ضارب وی در همان سال دستگیر گردید اما به علت مجروحیت این طلبه آمر به معروف، دادگاه دیه جراحت برای ضارب صادر کرد.اکنون با توجه به شهادتش، موضوع تغییر کرد و پزشکی قانونی در نتیجه بررسی‌های خود دریافت که علت فوت شهید علی خلیلی بی‌ارتباط با حادثه صورت گرفته در سال‌90 نبوده است.

این در حالی است که در 12خرداد سال گذشته نخستین جلسه دادگاه برگزار شد که با توجه به اعتراض متهم به نظریه پزشکی قانونی، جلسه دادگاه تجدید شد. در ادامه کارشناسان پزشکی قانونی پس از بررسی پرونده همان نظر قبلی را اعلام کردند.

با اعلام نظر پزشکی قانونی، قاضی حسین اصغرزاده، رئیس شعبه 113 دادگاه کیفری، برای دوشنبه -31 شهریور- وقت رسیدگی فوق‌العاده تعیین کرد و در نهایت در دوم خرداد ماه سال جاری سرپرست دادگاه‌های کیفری استان تهران از تایید تأیید حکم قصاص قاتل شهید علی خلیلی از سوی دیوان عالی کشور خبر داد که با تایید این حکم رسانه‌های معاند به طور همزمان به دفاع از ضارب شهید خلیلی پرداخته و با انتشار بیانیه سازمان عف بین‌الملل خواستار توقف حکم اعدام شدند.