بر اساس بند ۱۲ از ماده ۳ قانون اساسنامه‌ی سازمان میراث فرهنگی کشور، تعیین حریم آثار و محوطههای تاریخی از وظایف سازمان میراث فرهنگی است و پس از ابلاغ حریم یک اثر و ضوابط حفاظتی آن، رعایت این حریم برای عموم مردم و مسئولان کشوری از جمله متولیان اداره‌ی اوقاف و امور خیریه الزامی است. همچنین بر اساس ماده‌ی ۵۶۰ قانون مجازات اسلامی، هر کس بدون اجازه‌ی سازمان میراث فرهنگی از ضوابط مصوّب و اعلام شده برای حریم آثار فرهنگی و تاریخی تخطی کند، مجرم شناخته شده و شامل  تعقیب و پیگری قانونی خواهد بود.

در این زمینه، سازمان‌های مسئول، به ویژه هیأت امنای بقاع متبرکه در مناطق مختلف کشور، به خصوص در روستاها، به بهانه مرمت، دست به بازسازی، دخل و تصرف‌های بیضابطه‌ (بدون توجه به قدمت و ارزش تاریخی ابنیه) زده‌اند که منجر به آسیب جدی به آثار شده است. گاه حتی بناهای قدیمی یکسره تخریب شده و ساختاری بی‌هویت به‌جای آن پدید آمده که نه تنها فاقد اصالت معنوی پیشین است، بلکه با اقلیم اثر بیگانه بوده و معیارهای بومی معماری منطقه را نیز رعایت نکرده است.

نمونه‌هایی مانند امامزاده "حیدر" بهبهان، امامزاده "یحیی" زواره، امامزاده "زید" کهگیلویه و بویراحمد و شمار بسیاری دیگر از بقاع متبرکه قربانی چنین تصمیمات ویرانگری شده‌اند.

مشابه این اتفاق در مورد گورستان‌های تاریخی منفرد یا مجاور این بقاع متبرکه در سراسر کشور رقم خورده است که از جمله می‌توان به اتفاقات سال‌های گذشته در گورستان "دارالسلام" شیراز و اخیراً در گورستان امامزاده "عبدالله" شهر ری اشاره کرد.

پایه و اساسِ تغییرات در بیشتر این آثار، تصمیماتی است که مبنای اقتصادی داشته و در ستیز با روح و اصالت معنوی و تاریخیِ میراث فرهنگی، آیینی و دینی ما است و منجر به آسیب‌های سنگین و جبران‌ناپذیری شده‌اند. بقاع متبرکه و اماکن مذهبی از جمله مواریث فاخر و ارزشمندِ یک‌ونیم هزاره‌ی اخیر تاریخ ما محسوب می‌شوند و قسمتی از تاریخ پر فراز و فرود ایران‌زمین را در خود حفظ کرده‌اند.

با توجه به ارزشهای معنوی، فرهنگی، تاریخی، هنری، سبک معماری اماکن مذهبی و بقاع متبرکه و شخصیتهایی که در درون یا در کنار اینگونه بناها آرمیدهاند، این آثار باید از گزند آسیب و تخریب و تغییر در امان بمانند. هرگونه دخالت یا تغییری در آنها، به هر دلیلی، صرفاً پس از طی کردن مراحل قانونی و کسب مجوزهای لازم از سازمان میراث فرهنگی و در چارچوبهای علمی قابل پذیرش است. اصل و مبنا باید حفاظت همه‌ی آثار فرهنگی باشد و در صورت لزوم مرمت آنها بر اساس موازین علمی انجام شود.

در همین زمینه می‌توان به اقدام اخیر «اداره اوقاف و امور خیریه استان فارس» در حریم مصوب میراث جهانی تخت جمشید نیز اشاره کرد که اولاً برخلاف مستندات انکارناپذیر، وجود امامزاده‌ای را در شهرستان مرودشت مطرح کرده که در اصالت آن تردیدهای اساسی وجود دارد.

افزون بر این، طرحی برای توسعه‌ی این اثر در حریم درجه‌ی یک محوطه‌ی میراث جهانی تخت جمشید مطرح کرده که با وجود مخالفت کارشناسان میراث فرهنگی براساس موازین و مقررات جهانی، این میراث بشری را نیز زیرپا خواهد گذاشت.

همچنین، جنبه‌ی ناخوشایندتر این موضوع آنجاست که متأسفانه اصرار بر ساخت بنا و محوطه در محل مذکور به‌جای آنکه مبتنی بر شعائر دینی و مناسک معنوی باشد، بر اساس توجیهات اقتصادی و چشمداشت به کسب نذورات از گردشگران تخت جمشید عنوان شده است.

آنچه از سازمان اوقاف و امور خیریه انتظار می‌رود، تقویت بنیه‌ی مذهبی و معنوی جامعه است. یکی از راههای تحقق این امر، نگهداری از اصالت ابنیه‌ی مذهبی و بقاع متبرکه و جلوگیری از اشاعه‌ی خرافات و سوء استفاده از احساسات مذهبی مردم است. رویه‌ی کنونی برخی مدیران سازمان اوقاف متأسفانه امکان و اجازه‌ی چنین برداشتی را فراهم میآورد و جا دارد که مسؤولان محترم این سازمان در تصحیح این رویه بکوشند.

از این روی، «جامعۀ باستان‌شناسی ایران» ضمن ابراز نگرانی از تخریب، تعرض به حریم آثار تاریخی و تغییر هویت و اصالت ابنیه، بقاع متبرکه و گورستان‌های تاریخی کشور، مصرانه از نهادهای مسئول به ویژه «سازمان اوقاف و امور خیریه» و «سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری» خواستار صیانت و پاسداری از این میراث ارزشمند و نیز جلوگیری از اقدامات و تصمیمات غیرتخصصی و شتابزده در این زمینه است.