مصرف برخی از کالاها و خدمات در نظام مالیاتی بر ارزش افزوده از پرداخت مالیات معاف است، این معافیت‌ها به منظورکاهش اثرات سوء استفاده این نظام  مالیاتی ( مثلا فشار براقشار کم درآمد – اثرتنازلی) و کاهش هزینه‌های اجرایی و وصول مالیات اعمال می‌گردند. مع الوصف عمدتاً معافیت‌ها شامل سبد مصرفی خانوارها اعم ازمحصولات کشاورزی نظیر برنج، روغن، آرد ، شکر ، دارو، کاغذ ، مطبوعات، لوازم مصرفی درمانی ، خدمات آموزشی ، حمل ونقل و ... می‌شود.

 قانون اساسی مقرر می‌کند، هیچ نرخ مالیات وضع نمی‎شود مگر به موجب قانون. موارد معافیت وبخشودگی و تخفیف مالیاتی به موجب قانون مشخص می شود.

در همین چارچوب معافیت‌های قانون مالیات بر ارزش افزوده با هدف حمایت ازمصرف کنندگان تبیین شده است که ازجمله می توان به معافیت های محصولات کشاورزی فرآوری نشده اشاره کرد.

محصولات کشاورزی فرآوری نشده از پرداخت مالیات و عوارض ارزش افزوده معاف هستند،همچنین سبد عمومی کالاهای مصرفی خانوار ازجمله آرد خبازی، نان، گوشت، قند، شکر ، برنج و .. و انواع دارو، لوازم مصرفی درمانی، خدمات درمانی و خدمات توان بخشی و حمایتی انواع خدمات پژوهشی وآموزشی از پرداخت مالیات و عوارض ارزش افزوده معاف است.

معافیت صادرات کالاها و خدمات قانون مالیات بر ارزش افزوده و مبتنی بر اصل مقصد و به جهت بهبود تراز تجاری کشور، صادرات کالا و خدمات نه تنها مشمول مالیات و عوارض ارزش افزوده نخواهد بود بلکه مالیات وعوارض پرداختی مربوط به نهاده ها و عوامل تولید به کار رفته درتولید محصول صادراتی یا محصول صادراتی خریداری شده به صادر کنندگان مسترد می‌شود.

 ضمنا برای تسریع در استرداد قانون رفع موانع تولید مصوب سال 1394 سازمان امورمالیات مکلف گردیده است ظرف مدت یک ماه نسبت به استرداد مالیات و عوارض محصولات صادراتی اقدام نماید که درحال حاضر دستورالعمل اجرایی آن به ادارات کل مالیات ابلاغ گردیده است. 

نکته حائز اهمیت دردستور العمل یاد شده این می باشد که ادارات کل امورمالیاتی بدون الزام به بررسی دفاتر وصرفا بر مبنای اسناد و مدارک تعیین شده دردستور العمل مذکور نسبت به استرداد اقدام خواهند نمود.

یکی از معضلات اصلی در استرداد مالیات و عوارض صادر کنندگان، مقاومت ادارات کل امور مالیاتی بوده است که به دلیل تحقق کامل درآمدهای مالیاتی انگیزه برای استرداد نداشته اند. 

بدین منظور مقرر گردید به منظورتسهیل در فرآیند استرداد نسبت به تامین اعتبار ازمحل وجوه متمرکز در خزانه اقدام شود که این امر موجب گردیده است که مالیات و عوارض استرداد شده به صادر کنندگان در هشت ماه اخیر نسبت به مدت مشابه سال قبل از رشد پنجاه درصدی (50%) برخوردار باشد. همچنین مقرر گردیده است در کلیه ادارات کل امور مالیاتی گروه های ویژه استرداد تشکیل گردد.