اصلی ترین ماده درست کردن فلافل نخود است اما برخی سودجویان در سال های اخیر با مخلوط کردن نان و خمیر نان باگت با نخود مشکلاتی را برای افرادی که قصد خوردن فلافل دارند، ایجاد می کنند. 

موضوع قابل توجه در موضوع درست کردن فلافل ها استفاده از خمیر نان باگت در ساندویچی ها است که بیشتر مواقع به علت ماندن دچار کپک می شود و ماده آفلاتوکسین از خود تولید می کند که دشمن کبد است. 

موضوع دیگر در پخت فلافل روغنی است که این غذا در آن پخته می شود. متاسفانه فست فودی ها اقدام به استفاده چند باره از یک روغن برای پخت فلافل می کنند. استفاده چند باره از روغن هایی که عمدتا مخصوص سرخ کردن نیستند، مواد سرطانزا روغن را آزاد کرده و موجب می شود تا با خوردن مداوم فست فود به ویژه فلافل که به خاطر موادش روغن زیادی را جذب می کند، باعث می شود تا افراد در آستانه ابتلا به سرطان قرار گیرند. 

فلافل به دلیل داشتن ادویه های فراوان برای افرادی که مشکل معده، التهاب روده یا زحم معده دارند به هیچ وجه توصیه نشده چرا که پس از خوردن فرد دچار مشکل می شود.