خاتمی تأکید کرد: طلبه یک آزاده و حر است و زیرمجموعه هیچ تشکیلاتی نیست و همواره به تکلیف خود عمل می‌کند.

وی بابیان اینکه همراهی با ولایت همراهی با جناح و گروه نیست و برخی در این زمینه مغلطه می‌کنند اظهار داشت: تا دم از ولایت و دم از حمایت از مواضع ولایت بزنید انگ جناحی می‌زنند و این مغلطه است.

امام‌جمعه موقت تهران افزود: ولی‌فقیه حجت شرعی است و حفظ و پاسداشت نظم مقدس جمهوری اسلامی یکی از مأموریت‌های حوزه‌های علمیه است.

خاتمی گفت: جریانی به‌صورت خزنده در جامعه شکل‌گرفته که تاکنون راه به‌جایی نبرده اما هنوز از بین است و آن این است که می‌خواهند طلبه‌ها را در قدم اول به بی‌تفاوتی و سپس به سمت ضدانقلاب ببرند و برخی می‌خواهند حوزه‌های علمیه به این سمت‌وسو ببرند.

وی تصریح کرد: در برابر این جریان باید بدانیم که حوزه سکولار حوزه دینی نیست. حوزه سکولار حوزه بریده از سیاست است و بریدن از سیاست بریدن از ولایت و نظام اسلامی است.

خاتمی در بخش دیگر سخنان خود پاسداشت و نگهبانی از دین را از رسالت‌های حوزه‌های علمیه و طلبه‌ها عنوان کرد و گفت: امروز دین، بیش‌ازپیش مورد هجمه دشمن واقع‌شده است.

وی خاطرنشان کرد: علت این‌همه هجمه به دین، قدرت تحرک بخشی آن است و امروز به برکت انقلاب اسلامی، دین به صحنه آمده و به‌تبع آن بیداری اسلامی در جهان شکل‌گرفته و در مقابل تهاجم علیه دین، خدا، پیامبر اسلام و مهدویت شکل‌گرفته است.

امام‌جمعه موقت تهران افزود: در فضای مجازی نیز دم‌به‌دم لجن‌هایی ازاین‌دست پراکنده می‌شود فضای مجازی عرصه و میدانی است می‌تواند هم بحران باشد و هم فرصت تلقی شود.

خاتمی، اخلاق را از دیگر مواردی برشمرد که اکنون مورد هجمه قرارگرفته است و گفت: پاسداشت از ارزش‌های اخلاقی از دیگر رسالت‌های مهم حوزه علمیه است و روحانیت موظف است سبک زندگی اسلامی و دینی را برای مردم تبیین کند.

وی افزود: سبک زندگی اسلامی مورد تأکید رهبر معظم انقلاب نیز هست و معظم له برای نخستین بار در خراسان شمالی بر تبیین سبک زندگی اسلامی تأکید داشتند.

امام‌ جمعه موقت تهران با تأکید بر لزوم اتحاد میان مسلمانان گفت: ما غدیری هستیم و به‌هیچ‌عنوان در تقریب از مذهب کوتاه نمی‌آییم. با دلایل مستند و مستدل از مبانی تشیع دفاع می‌کنیم.