ستاد کل نیروهای مسلح به‌طور مستقیم زیر نظر "فرمانده معظم کل قوا" اداره می شود و طبق اصل ۱۱۰ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، رئیس ستاد از سوی ایشان انتخاب می‌شود.

در ۲۵ دی ۱۳۷۰ با فرمان حضرت آیت الله خامنه ای فرمانده معظم کل قوا، "ستاد فرماندهی کل قوا" به "ستاد کل نیروهای مسلح" تغییر نام داد.

ستاد کل نیروهای مسلح روز گذشته (سه شنبه 8 تیر 95) دومین رئیس خود را از ابتدای شکل گیری تا کنون شناخت.

سرلشکر سید حسن فیروزآبادی نخستین فردی بود که در سال 1368 از سوی فرمانده معظم کل قوا به سمت ریاست ستاد کل نیروهای مسلح رسید؛ پس از 27 سال ریاست سرلشکر فیروزآبادی بر ستاد کل نیروهای مسلح، روز گذشته حضرت آیت الله خامنه ای فرمانده معظم کل قوا در حکمی ضمن قدردانی از تلاش های وی، سرلشکر "محمد حسین باقری" را به سمت ریاست ستاد کل نیروهای مسلح منصوب کردند.