در ماده 39 آمده است که دستگاههای اجرایی درصورت نیاز به یگان حفاظت مکلفند پس از کسب موافقت و مجوز ستاد کل نیروهای مسلح نسبت به تشکیل یگانهای حفاظت اقدام کنند. این یگانها از نظر به‌کارگیری سلاح و مهمات تابع ضوابط نیروهای مسلح می‌باشند و با رعایت ضوابط نیروی انتظامی تحت نظر بالاترین مقام دستگاه ذی‌ربط اداره می‌شوند.

در تبصره این ماده آمده است: دستورالعمل نحوه تشکیل یگانهای حفاظت شامل اختیارات، حدود وظایف، چگونگی ساماندهی، تسلیح، آموزش، انتصاب فرماندهان، ارتباط با نیروی انتظامی و نظارت بر عملکرد آنها به تصویب ستادکل نیروهای مسلح می‌رسد.