پرونده شهید خلیلی، آمر به معروف و ناهی از منکر یکی از پرونده‌های مهم قضایی است که تکلیف آن در اوایل مهر ماه سال 93 از سوی دستگاه قضا مشخص شد و در اواخر شهریور ماه سال 94 با اعلام گذشت اولیای دم این پرونده مختومه شد.