به گزارش گروه سیاسی ،  حجت‌الاسلام والمسلمین محمد محمدی ری‌شهری در کتاب خاطرات خود درباره تاسیس دادگاه انقلاب اسلامی ارتش می نویسد: اشاره کردم که فلسفه ی اساسی تشکیل دادگاه انقلاب اسلامی ارتش برخورد با توطئه ی گروهک های ضد انقلاب در ارتش بود. یکی از حوادثی که در آغاز تشکیل این دادگاه به وقوع پیوست تحصن جمعی از نیروهای نظامی در دانشگاه تهران بود. این گونه مسائل معمولاَ با پوشش خواست های صنفی یا مردمی و با هدف متلاشی کردن ارتش انجام می شد. چند روز از این ماجرا گذشت و مسئوولان امر نتوانستند مشکل را با مذاکره حل کنند.

 تا آن وقت مرحوم چمران را از نزدیک ندیده بودم. پیش از برخورد با متحصنین برای مشورت به دیدار ایشان رفتم. برخورد او خیلی گرم و صمیمی بود  اما نظر ایشان را در رابطه با نحوه ی پایان دادن به تحصن نظامیان نپسندیدم. او معتقد بود که باید با ملایمت ومذاکره موضوع فیصله پیدا کند و من حرفم این بود که این گونه حرکات در ارتش خطرناک است و باید قاطعانه با آن برخورد کنیم.

در نهایت، نتوانستم ایشان را قانع کنم با وی خداحافظی کرده شخصا تصمیم گرفتم با این موضوع از طریق دادگاه برخورد کنم.

در این ارتباط اطلاعیه ای تهیه کردم که اگر نیروهای نظامی تا 24 ساعت به تحصن خود پایان ندهند دادگاه انقلاب ارتش با آنان برخورد خواهد کرد.

اطلاعیه دادگاه از صدا و سیما پخش شد. با این تهدید خشک و خالی بدون دخالت هیچ کس و پیش از ساعت مقرر تحصن خاتمه یافت و مشکل حل شد.

تمرد در پایگاه هوایی بوشهر

 از دیگر صحنه هایی که دادگاه انقلاب ارتش با متمردین ارتش برخورد کرد جریان تمرد در پایگاه هوایی بوشهر بود. در آن هنگام سرهنگ صدیق فرمانده آن پایگاه بود در اینجا نیز مشکل با رسیدگی قضایی به سادگی حل شد.