متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم

درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت الله آقای حاج سیّد محمّدباقر خوانساری رحمت الله علیه را که از نخستین روزهای نهضت امام خمینی رضوان الله علیه در شمار مدافعان فعّال نهضت محسوب می‌شدند و اقدامات ایشان در نجف اشرف در حمایت از امام خمینی منشأ اثر بود، به بازماندگان محترم و عموم ارادتمندان و علاقمندان به ایشان تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات آن مرحوم را از خداوند متعال خواستارم.

سیّد علی خامنه‌ای