از آنجا كه آب‎های داخلی در قلمرو حاكمیت كشور ساحلی است، لذا در این منطقه نیز مانند قلمرو خشكی، اصل سرزمینی بودن قوانین و مقررات آن كشور حاكم است. با این حال، حقوق بین‌الملل دریاها، ضمن مقرر داشتن اصل صلاحیت قضایی كشور ساحلی در آب‌های داخلی، استثنائاتی را با توجه به نوع كشتی‌ها بر آن وارد كرده است.