به گزارش میزان، شهید خلیلی 25 تیر ماه سال 1390 در حین بازگشت از هیئت، در پی امر به معروف و نهی از منکر از سوی افراد شرور مورد ضرب و شتم قرار گرفت و از ناحیه گردن و قسمت شاهرگ دچار جراحت شد  و ضارب وی در سال 90 دستگیر شد اما به علت مجروحیت این طلبه آمر به معروف، دادگاه دیه جراحت برای ضارب صادر کرد اما با توجه به شهادتش، موضوع تغییر کرد و پزشکی قانونی در نتیجه بررسی‌های خود دریافت که علت فوت شهید علی خلیلی بی‌ارتباط با حادثه صورت گرفته در سال‌90 نبوده است. 

 

طبق گفته «حجت‌الاسلام والمسلمین محسنی‌اژه‌ای» سخنگوی قوه قضائیه بنا بر این شد که چنانچه فوت شهید خلیلی بر اثر جنایت و جراحت سابق بوده و سرایت آن منجر به فوت شده باشد، مجددا پرونده مراحل قانونی خود را طی خواهد کرد. در نهایت قرار بر این شد که پس از تکمیل تحقیقات مقدماتی از فرد ضارب، بازپرس بر اساس تحقیقات صورت گرفته اقدام به صدور قرار مجرمیت یا منع تعقیب کند اما این در حالی است که "محسن افتخاری" سرپرست دادگاه‌های کیفری یک استان تهران در ارتباط با آخرین وضعیت پرونده ضارب شهید خلیلی گفت: شعبه رسیدگی کننده وقت دادگاه را نیز تعیین کرده است.

 

این در حالی است که در 12خرداد نخستین جلسه دادگاه برگزار شد که با توجه به اعتراض متهم به نظریه پزشکی قانونی، جلسه دادگاه تجدید شد. در ادامه کارشناسان پزشکی قانونی پس از بررسی پرونده همان نظر قبلی را اعلام کردند. 

 

با اعلام نظر پزشکی قانونی، قاضی حسین اصغرزاده، رئیس شعبه 113 دادگاه کیفری، برای دوشنبه -31 شهریور- وقت رسیدگی فوق‌العاده صادر کرد و پس از پایان دادگاه قاضی اصغرزاده اعلام کرد که حکم نهایی تا هفته آینده صادر می‌شود   و در نهایت اوایل مهر ماه سال گذشته "محمدرضا زمانی" وکیل مدافع ضارب شهید خلیلی با اشاره به اعلام حکم قصاص ضارب شهید خلیلی از سوی قاضی این پرونده گفت: حکم قصاص موکلم صادر شده است و طی مهلت قانونی به این حکم اعتراض می‌کنیم. 

در نهایت در سوم شهریور ماه پدر و مادر شهید علی خلیلی به عنوان اولیای دم فرزندشان از اجرای حکم قصاص قاتل شهید خلیلی که با حکم شعبه 113 دادگاه کیفری استان تهران و تأیید دیوانعالی کشور به قصاص محکوم شده است، گذشت کردند و اکنون پرونده متهم از جنبه عمومی جرم مورد رسیدگی قرار گرفت.