: در سال 1356 بحرانی گریبان سلطنت پهلوی را گرفت که پیامدهای آن پایان عمر رژیم را حتمی کرد. و آن بحرانی بود که با شهادت آیتالله سید مصطفی خمینی آغاز شد. ایشان در واپسین ساعات روز 30/7/56 در منزل خود در شهر نجف اشرف به شیوهای نامعلوم به شهادت رسید.
به گزارش گروه فرهنگ وهنر ، شهید سیدمصطفی خمینی از بدو شروع نهضت اسلامی همراه حضرت امام خمینی بود. ایشان اول بار در سال 1342 و پس از شروع نهضت دستگیر شد و پس از مدتی حبس، به ترکیه تبعید شد. پس از تغییر تبعیدگاه حضرت امام خمینی ایشان نیز در سال 1344 از ترکیه به عراق رفت و در شهر نجف ساکن شد.
آیتالله سیدمصطفی خمینی حدود 13 سال در حوزه علمیه نجف اشرف به تدریس و تألیف و تربیت طلاب علوم دینی مشغول بود و در کنار فعالیتهای علمی خود با انقلابیون مسلمان مرتبط بود و گاه تدارک آنان از ناحیه ایشان صورت میگرفت. روحیه انقلابی وی، مشوق بسیاری از مبارزان برای فراگیری فنون نظامی و چریکی بود. بیشتر این فعالیتها نمیتوانست از نظر جاسوسان رژیم شاه به دور باشد. به همین دلیل اگر هم درگذشت این روحانی مبارز را رویدادی طبیعی بدانیم، شخصیت مبارزاتی او انعکاسی جز شهادت، آن هم به دست رژیم شاه در اذهان مردم متبادر نمیکرد. هر چند خاطرات به جای مانده از آن زمان نیز دلالت بر شهادت ایشان دارد. حجتالاسلام سید محمود دعایی دربارة آن روز میگوید: «متأسفانه در بیمارستان پزشک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفتهاند. با علائمی که روی پوست بدن وجود داشت مشخص بود که مرگ طبیعی نبوده و ناشی از یک مسمومیت است.»
خانم معصومه حائری یزدی، همسر شهید حاجآقا مصطفی نیز در این باره چنین میگوید: «همان شب که حاج آقا مصطفی این طور شد، قرار بود که ساعت 12 به منزل ما میهمان بیاید. من سخت مریض بودم. آقای دعایی که همسایه ما بود برایم دکتر آورد. از طرف دیگر آقا مصطفی شبها مطالعه داشتند. آن شب ایشان گفته بود اگر میهمان آمد، من در را باز میکنم، شما بخوابید. ما دیگر نفهمیدیم که میهمانان چه موقع آمدند و کی رفتند و چه شد.
صبح زود وقتی برای ایشان صبحانه میبرند میبینند آقا مصطفی نشسته ولی سرش به پایین خم شده است. فوراً رفتم بالا. دیدم دستهای آقا مصطفی بنفش است و تکههای بنفش را روی سینهاش هم دیدم. آقا مصطفی را بلافاصله به بیمارستان انتقال دادیم. وقتی خواستند از جسد او کالبد شکافی کنند، امام اجازه این کار را نداد و فرمودند عدهای بیگناه دستگیر میشوند و دستگیری اینها دیگر برای ما آقا مصطفی نمیشود. از طرف دولت بعث عراق نیز از اعلام نظر پزشکان جلوگیری شد و نگذاشتند پزشکان نظر خود را اعلام کنند. چون صد در صد مسمومیت بود، حتی پزشکان را تهدید کردند.»
مرگ غیرمنتظره آیتالله سید مصطفی خمینی در حالی که هیچگونه بیماری قبلی نداشت با شروع فعالیتهای سیاسی جدید امام در نجف از نظر همه یاران و شاگردان امام نمیتوانست بدون ارتباط باشد. دلیل آنان این بود که حاجآقا مصطفی از شروع نهضت در سال 1341 در کنار امام قرار داشت، دست راست ایشان محسوب میشد و یک چهره انقلابی بود که با روحانیون، روشنفکران، دانشجویان مسلمان و مبارز داخل و خارج کشور ارتباط داشت. از این رو ساواک با به شهادت رساندن وی کوشید یک مخالف جدی را از سر راه رژیم برداشته و امام را تنها بگذارد.
پیکر آیتالله مصطفی خمینی را ساعت 10 صبح از نجف به کربلا بردند و در آب فرات غسل دادند و پس از تشییع باشکوهی در ایوان طلای مرقد حضرت امیر(ع) دفن شد. نقل است که حضرت امام پس از شهادت وی به همسر بزرگوارشان فرمودند: «امانتی خداوند متعال به ما داده بود و اینک از ما گرفت. من صبر میکنم، شما هم صبر کنید و صبرتان هم برای خدا باشد.»
فردای شهادت آیتالله مصطفی خمینی حوزههای علمیه نجف در عراق، و قم و تهران تعطیل شد و علمای طراز اول ایران با برگزاری مجالس ختم، یاد و نام این روحانی مبارز را گرامی داشتند.
در مراسمی که به مناسبت چهلمین روز شهادت ایشان در شهر قم برگزار گردید، عده کثیری از طبقات مختلف مردم شهر قم و عدهای از دانشجویان مراکز عالی آموزشی شرکت داشتند که بعد از پایان این مراسم تظاهراتی از طرف عدهای از شرکتکنندگان در مجلس مذکور و خیابانهای شهر قم انجام گرفت.