متن پیام تسلیت وی به شرح زیر است:

بسم الله الرحمن الرحیم

من المؤمنین رجال صدقوا ما عاهدوا الله علیه فمنهم من قضی نحبه و منهم من ینتظر و ما بدلوا تبدیلا

انا لله و انا الیه راجعون

خبر دردآور و اندوه ناک شهادت علامه شیخ باقر النمر بدست رژیم سفاک و دژخیم آل سعود واصل گردیده و دل و جان ما را در غم و اندوه فرو برد. این عالم جلیل القدر و این مجاهد نستوه پس از مرارتهای فراوان و فشار و رنج اسارت و شکنجه در زندان های مخوف این ابرجنایتکار روسیاه منطقه، جان خویش را در راه عزت و شرف اسلامی و انسانی و تعالی کلمه طیبه توحید و اقامه قسط و داد فدا کرده و صفحه زرین و افتخار آفرین دیگری را بر تاریخ مشعشع جهادی شیعه جعفری اضافه نمود. قطرات خون مطهر شیخ نمر، در عین آنکه دلهای همه مسلمانان بلکه همه انسانهای آزاده جهان را در غم و اندوه فرو برد لکن بشارتی بزرگ را نوید می دهد. جنایت اعدام این روحانی بصیر به لطف خدا، شلیک نهایی و تیر خلاصی بود که رژیم خون آشام صهیونیستی آل سعود را به تاریک خانه ابدی تاریخ خواهد فرستاد و ایشان را با اشقیاء عالَم محشور خواهد نمود و سرزمین مطهر وحی از لوث وجود پلیدشان پاک خواهد گردید.

جریان خون مطهر شیخ نمر، موجی را برخواهد افراشت و طوفانی را بپا خواهد کرد که جز با سرنگونی این نماد حقیقی شیطان در منطقه، آرام نخواهد گرفت.

اکنون وقت آن رسیده که امت بزرگ اسلامی با هر سلیقه و فکری، تحت بیرق نبی اعظم صلی الله علیه و علی آله و سلم جمع گردند و برای نابودی این چرثومه فساد و نماینده رژیم اسرائیل و مزدور آمریکا، بپا خواسته و دست آلوده به خون هزاران هزار مسلمان شیعه و سنی را از حاکمیت و حکومت بر حرمین شریفین و سرزمین های اسلامی، کوتاه کنند.

تردیدی نیست اضمحلال و نابودی این رژیم شیطانی، به محو شدن تروریسم داعشی و تکفیری منجر خواهد شد و عالَم اسلام را از این مصیبت فراگیر نجات خواهد بخشید.

اینجانب، شهادت این عالِم برجسته و مجاهد را به ساحت قدسی قطب امکان و محور تکوین، بقیة الله الاعظم ارواحنا له الفداء و رهبر فرزانه انقلاب، مراجع معظم تقلید، امت اسلامی و به طور خاص خانواده و بستگان و نزدیکان این فقید سعید، تبریک و تسلیت می گویم و از ذات قدس ربوبی می خواهم او را با انبیاء و اولیاء و شهدای کربلا محشور فرماید و حسن اولئک رفیقا.

و السلام علیکم و رحمة الله و بر کاته

سید محمود هاشمی شاهرودی