
وی در نوجوانی شاهد ماجراهای مشروطیت بود، مخصوصاً اینکه شوهر خواهرش «شیخ محمد خیابانی» بخش بزرگی از جریان مشروطه خواهی را در شمال غرب ایران رهبری می کرد و بطور بدیهی تمام خانواده را درگیر این جریانات ساخته بود.
آیتالله سید جواد خامنهای پس از سالها زندگی در زادگاه و سپری کردن دوران تحصیل در تبریز، مشهد و نجف و کسب مقام اجتهاد به مشهد مقدس کوچ کرد و در جوار بارگار اما رضا (ع) اقامت گزید.
وی در مشهد به تدریس، تعلیم و تربیت طلاب و ارشاد مردم مشغول بود و چندین سال متمادی امامت جماعت مسجد صدیقیها یا مسجد آذربایجانیها را برعهده داشت.
آیتالله سیدجوادخامنهای در کمال زهد و پرهیزگاری زیست و پس از عمری طولانی و پربار سرانجام در 93 سالگی در 15 تیر 1365 از دنیا رفت و در توحید خانه (رواق پشت سر مرقد امام رضا (ع)) به خاک سپرده شد. امام خمینی در پیام تسلیتی که به مناسبت رحلت ایشان دادند، او را عالمی متعهد و باتقوا خواندند.